site:generateゴールを実行したときに起動されるCheckstyleプラグインですがどこでチェック仕様を変更するのかと思ってました。
で、site:generate実行時のコンソールを見てると
[echo] Using /home/[userid]/.maven/plugins/maven-checkstyle-plugin-2.3 /plugin-resources/sun_checks.xml for checkstyle
とあるようにhomeの配下のsun_checks.xmlを参照しているようです。なのでこのsun_checks.xmlを変更すればチェックの挙動を変更できそうです。うちではタブのインデントチェックがうっとうしかったので、
<module name="TabCharacter"/>
をコメントアウトしてしまいました。
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